Accession
MI0027479
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8591 precursor miRNA
Sequence
3211
reads,
2643
reads per million, 4 experiments
uucuuuuuauuuauuauuuuuuauaaguuuguauuuaaagggaagagguuccuucuuuauaaagagagguuauuggauaauaaagaaaguguuugaucuuguuaaaagagaucuuggguggacucccuugcagacccugagaggguauaaucucucaagccuuuuuauuuucauuuuucuuuucuaguuuauuuuuuauuuuuugcaucaguuggugucaaagcagagaagauccaaccauugcaaugccaacaaaaccuacuucugauauguauaauugcauggaacaaauuuuagaaaaucuaaccaaagugauggaagauauucaaagcgacguucgugggaugaaucagugauugcaacgguuggagaauacuaauauucgagaagagggugcucgcaaccaugaaaaucuaacuucagauuucacuguagagaugaaucgagugccacuacugacuagcagugccaauuaugaaugugacgaucacuuugugaugcaagaaccacgauuuguggaauauccacaugaucuugguauccagcuuggucuucucaaguuuuaugaggaauuugaaaaagaaaucauaauugagcucgagaucccaguguuuauuucaagaugagcauaaaguauuugaugaauugguuuauugaagaaaauguaccgaggcguauguugggaguacaucaccaauuauucuauuggccucucAAGGAUGUAAGCUCGAGGCCGAGCuucuccuaaccccggaagagaagaaugaugcaacuaaacaagugacuuuuaauuuuauuuuauuuauaucuuuuugcuacuuaaaaaauauauuuuuugguuuuuuaguuuuuguuuaggguuauucuugccuuagcuuaguuguaaagauuuaagggauagaauuggaaguuuagucuuuuuuaaaaaggauggauacggauagggauuagcaugguugguugggauaugguagacuuguuuuuaagagauacgggagagauagaguuuagcuugugauuuuuguuuuauuuuuauuuacuauuccuuauaaauuuguauuuaaaggaaauaggucucuucucuguagagagagguuauuggagaauaaagaaagaguuugaucuuaugaaaagaacuugggcuggacaccuuugcaaauccugagagaugauauaaucucgcaagcccuuuuauuuucauuuuugagagacuauacccucuuucuggggcugcaagggaguccaccccaaguucuuuucacaaaaucaaacucuuuuuuuauucuccaaucauuauauuuacaaagaagggacaucuuccuuuuaaauacaaacuaaaaagaauaauauaaaaaaaaaguaaucuauaucucucauuaucucuuaaaaacaagucuaacauaucuuaaccaaaccaaaccaaccauguuaaucccuauccaaaucuaucuuuuuuuaaaaaaaacaaaacuuucaauucuaccccuuaaaucucuacgacuuaaaaaaacaagaaugacccuaaaaaaaauuaaaaaucuagauaacauauuuucuaacugcuaaaaaaauauaaaaaaauaaauuuuuuuauuugcaucauuaucucaggguugggagaagcucgaccucaagcuuacauccuucagagaccaaucgaauaauuggugauguagucccaccauucuucucgguacuuugucuucaauaaaccaauuuaucaaauauuuuguucgcaucuugaaguagaacacugagcgagcuuaaucuugauuauuuuucaaguuccucauaaaauucggaaagauugaccuuaauaacgagaucauguggauguuccucagauuuuguuaccuguaucacaauuugguuguuacauucagaaucggcaccucgagucagucgugggacuagauucaucucuauaguagaacuugguguuggaucuucaugguugcgagcgcccucuucucaaauaaugguguuuuccaauugcugcaacugcuaauucauuuuaugaacuuugcuucaaacaucuuccaugacauugguuagauuuucuaaaauuugucccaugugaucauccauaucauaauuagguuucggcagcauugcaauggcuggaucuucuuugcuccaauaccaacugaugcacaaaauuaaaaguaaacuagaaaaauaaaaauaaaggggcuggagaaauuauauccucucuuaggauccgcaagggaguccaccccaagaucuuuucacaagaucaaaacucuuucuuuauucuccaauagccucucuuuacaaauaagggacauauuccuuuuaaauacaaacuuauaaggauuaauaaauaaaaauaa
...(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((((.(((.((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.((((.((((((((((((((.(((((.....((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((...(((((((((((((((.((((((((((((...(.(((((((.((.(((((((.((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((.((..((((((.(((((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.(((.((((((((((((((((.(((.((((.(((((((....(((((.(((.(((((((((((((((..((((((((((.((((...((((((.((((((((((((((((((((.(((..((.((((((((.((.(((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((((....(.(((((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((.(.(((.(((((.(((((((((((((((((.(((((.((((.(((((((((((((.((((.(((((((((((((((((.....((((..((((((((((.((((.((((...........(((((((.(((((((.(((((((...(((.(((((((.((.(((((.((((((((((((.((((((((((((((((.........(((((((.(((((((((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((...((((((((.((.(((.(((....(((((((.((((((((.((((..............((((((((((((((((....(((((((((.((((((....(((.((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((((.((((((((..(((.((((((.(.((((.((((.((((................)))).)))).)))).).)))))).)))..)))))))).))))).))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))).)))...)))))).)))))))))...)))).)))))))))))).)))))))))))).)))))))..)))))).)).))))))))..))))))))))))))))))))).)))))).........)).))))))))))))))))))))))))..))))))).)))))))))))).)).))))))))))))))).))))))))))).)))))))........)))))))))))))))))))))))))))).))))).)).))))))).)))..)).))))).)))))))))))))))))).)))).)))))))))).)))).))))))))))))))))).)))).))))))))))))).)))).))))).))))))))))))))))).))))).))).).)))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))))).)))))))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))))))).)).)))))))).))..))).)))))))))))))))))))).))))))..))).).))))))))))..))))))))))))))).))).)))))....))))))).)))).))).)))))))))))))))).))).)))).))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))).))))).)))).))))))))))))))).))))))..)).))))))))).)).)))))))))))))))))))))))).))))))))).)).))))))).)).))))))).)...)))))))))))).)))))))))))))))...))))))))))))))).))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))))))))..))).)).))))))))))))).))))))))))))).)))))))).)))).))))))))))).)))))))))))))))))).))).)))))))...))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))...
...(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((((.(((.((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.((((.((((((((((((((.(((((.....((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((...(((((((((((((((.((((((((((((...(.(((((((.((.(((((((.((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((.((..((((((.(((((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.(((.((((((((((((((((.(((.((((.(((((((....(((((.(((.(((((((((((((((..((((((((((.((((...((((((.((((((((((((((((((((.(((..((.((((((((.((.(((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((((....(.(((((((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((.(.(((.(((((.(((((((((((((((((.(((((.((((.(((((((((((((.((((.(((((((((((((((((.....((((..((((((((((.((((.((((...........(((((((.(((((((.(((((((...(((.(((((((.((.(((((.((((((((((((.((((((((((((((((.........(((((((.(((((((((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((...((((((((.((.(((.(((....(((((((.((((((((.((((..............((((((((((((((((....(((((((((.((((((....(((.((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((((.((((((((..(((.((((((.(.((((.((((.((((................)))).)))).)))).).)))))).)))..)))))))).))))).))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))).)))...)))))).)))))))))...)))).)))))))))))).)))))))))))).)))))))..)))))).)).))))))))..))))))))))))))))))))).)))))).........)).))))))))))))))))))))))))..))))))).)))))))))))).)).))))))))))))))).))))))))))).)))))))........)))))))))))))))))))))))))))).))))).)).))))))).)))..)).))))).)))))))))))))))))).)))).)))))))))).)))).))))))))))))))))).)))).))))))))))))).)))).))))).))))))))))))))))).))))).))).).)))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))))).)))))))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))))))).)).)))))))).))..))).)))))))))))))))))))).))))))..))).).))))))))))..))))))))))))))).))).)))))....))))))).)))).))).)))))))))))))))).))).)))).))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))).))))).)))).))))))))))))))).))))))..)).))))))))).)).)))))))))))))))))))))))).))))))))).)).))))))).)).))))))).)...)))))))))))).)))))))))))))))...))))))))))))))).))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))))))))..))).)).))))))))))))).))))))))))))).)))))))).)))).))))))))))).)))))))))))))))))).))).)))))))...))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))...
Structure
uuc u gag c a u u - uaa - a c -- c a c ucuuu u u caa a caa a c c u a a a g a ca c c a a a c a u a c g g u agca a a cu a - cac u g cc c c a ga ua agau c - a c aaau c u u g u c c C C cggaa ag c c gacuuuuaauu a c - uac a a u u g ccuuagcuu a a a c - ac - --------- g cgg g u g guga u a cuauuccuuauaaa - auag c gaga u c a c a aa u u a a g cccuuuu uuuuuauuuauua uuuuuauaaguuuguauuuaaagggaa guuccuu uuu uaaagagagguuauugga aauaaagaaag guuu gaucuugu aagagaucuuggg uggacucccuugc ga ccu gagaggguauaau ucuc agccuuuuuauuuu auuuu ucuaguuuauuuuu auuuu ugcaucaguuggugu agcagagaagaucca ccauugcaaugc c aaaccua uu ugauaug au auugcaugg acaaauuuuagaaaaucuaaccaa gu auggaagau uu aagcga guucgugggaugaau agug uugca cgguuggagaauacua uauu gagaagagggugcucgcaaccaugaa aucuaac ucag uuu acuguagagaugaauc agu ccac acugacu gugcc auu ugaaugugacgauca uugugaugca g aac gauuug ggaauauccacaugaucuug uau ag uuggucuu uc aguuuuaugaggaauuugaaaaa aauca auugagcucg c caguguuu auuucaagaug g auaaaguauuugaugaauugguuuauugaaga guaccgagg g aug uggga uacaucaccaauuauuc auugg cucu AAGGAUGUAAGCU GAGG CGAGCuucuccuaaccc gaga aaugaugcaa uaaa aagu uuauuuu uuuauau uuuuu gc uua aaaauau uu uuugg uuuuuaguuuuu uuuaggguuauucuug aguugua agauuuaaggg uagaauuggaaguuu gu uuuuuuaaaaag gauggau ggauagggauuagcaugguugguu gg gauaug uagacuuguuuuuaagagaua gagagaua ag uua cuu uuuuugu uuauuuuu uuua uuuguauuuaaa ggaa gucucuucu uguaga ggu auuggagaauaaagaaagaguuugau uu ugaaaagaacuuggg uggac ccuuugca ucc gagaga g uaua ucuc caag a ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| ||||| || ||| ||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| | |||| |||| |||| aaaaauaaauaau aggaauauucaaacauaaauuuuccuu cagggaa aaa auuucucuccgauaaccu uuauuucuuuc caaa cuagaaca uuuucuagaaccc accugagggaacg cu gga cucuccuauauua agag ucggggaaauaaaa uaaaa agaucaaaugaaaa uaaaa acguagucaaccaua ucguuucuucuaggu gguaacguuacg g uuuggau aa acuauac ua uaguguacc uguuuaaaaucuuuuagauugguu ca uaccuucua aa uucguu caaguauuuuacuua ucgu aacgu guuaaccuuuuguggu auaa cucuucucccgcgagcguugguacuu uagguug gguu aag ugauaucucuacuuag uca ggug ugacuga cacgg uaa acuuacauuguuggu aacacuaugu c uug uuagac ccuuguagguguacuagagc aua uc aguuagaa gg uuaaaauacuccuugaacuuuuu uuagu uaauucgagc g gucacaag ugaaguucuac c uguuuuauaaacuauuuaaccaaauaacuucu cauggcucu c uac acccu auguagugguuaauaag uaacc gaga uuccuacauucga cucc gcucgaagaggguuggg cucu uuacuacguu auuu uuua aauaaaa aaauaua aaaaa cg aau uuuuaua aa agauc aaaaauuaaaaa aaaucccaguaagaac ucagcau ucuaaauuccc aucuuaacuuucaaa ca aaaaaauuuuuu cuaucua ccuaucccuaauuguaccaaccaa cc cuauac aucugaacaaaaauucucuau cucucuau uc aau gaa aaaaaua aauaagaa aaau aaacauaaauuu ccuu cagggaaga acauuu uua uaaccucuuauuuuuuucucaaacua aa acuuuucuugaaccc accug gggaacgu ggg cuuucu c auau agag guuu u aau u aua u c c u a --c c c a uu a g a ----- u c acc c acg c u u c c c a g c ac u a c c a a c u c a a g c gcuc c g uu c a -uu u a au c a c -a uc ---- a a g u guuu u u c g c a c a a ----a -a u u ----------- - a u -uc c c u u - -aaaaaaau c c a a u aa a aaaccaauu a -ua a u - --aa u - -------------c u -cua a -aua c a c c a cg u c c c a uuacuuu
Annotation confidence
Not enough data
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00056: 1307335-1309688 [-]
Database links
Mature atr-miR8591
| Accession | MIMAT0033878 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8591 mature miRNA |
| Sequence | 716 - AAGGAUGUAAGCUCGAGGCCGAGC - 739 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
