Stem-loop mtr-MIR5227

Accession

MI0018292

Description

Medicago truncatula mtr-MIR5227 precursor miRNA

Sequence

auaacgauauUGAAGAGAAGAAGAUUGAUGAAagugaaacuuaauucggguccauacauguuaugaauuuuuaaugagcuuccaagugauguuuuugaauaugaaaccauuuagcgucuuuuuuuaguuuauauuuuuuauuaggaaugauauuaugauuuuguguggauacccuugauguuguuauguaauuugccuuguuggcaauuuuuuuaauuauaauaucacauguauuauugagccuuuuaugaaauacauaauaaaaccgcuuaauaauccauaaauauauuauaacuaaaaauccucaauaaggaaaauuacaugacaacaucaaagguaucccacacaaaaaucaugcuaucauuucucauacaauaaacauaaacaaaaaagagacacuaauugguuucaucuucaaaaucaucacuuggaagcucauucgaaucaaaauucauaacaacuauugacccuaauucaguuucacuuucguuaaucuucuucucuucaauaucauuauu
((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.(((..(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.((((.((((((((((.((((((.(((..(((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.(((((((((.....((((((.(((((((((...(((.((((((((((.((((((..........))))))..)))))))))).)))....))))))))).))))))...))))))))).)))))))))))))))))))).))))).)))))).))))))))).)))))))))).)))....))).)))))).)))))))))).)))).))))))))).))))))).)))))))))))))))))))......)))))))))))))..))).))))).)))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).

Structure

-    c                                    u    c     c   ca             -----u                   u       u         u    c          a      a   --uu   u          u         -      -     c                    g         caauu      a         -cac   u          -c      gaaa 
 auaa gauauUGAAGAGAAGAAGAUUGAUGAAagugaaacu aauu ggguc aua  uguuaugaauuuu      aaugagcuuccaagugaug uuuugaa augaaacca uuag gucuuuuuuu guuuau uuu    uau aggaaugaua uaugauuuu gugugg auacc uugauguuguuauguaauuu ccuuguugg     uuuuua uuauaauau    aug auuauugagc  uuuuau    u
 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||||      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||    ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     |||||| |||||||||    ||| ||||||||||  ||||||     
 uauu cuauaacuucucuucuucuaauugcuuucacuuuga uuaa cccag uau  acaauacuuaaaa      uuacucgaagguucacuac aaaacuu uacuuuggu aauc cagagaaaaa caaaua aaa    aua ucuuuacuau guacuaaaa cacacc uaugg aacuacaacaguacauuaaa ggaauaacu     aaaaau aauauuaua    uac uaauaauucg  aaaaua    a
u    a                                    c    u     u   ca             cuaagc                   u       c         u    a          a      c   uaac   c          c         a      c     a                    a         --ccu      c         uaaa   c          cc      auac 

Annotation confidence Not enough data

Genome context

chr4: 43144770-43145287 [+]

Mature mtr-miR5227

• Accession: MIMAT0021186
• Description: Medicago truncatula mtr-miR5227 mature miRNA
• Sequence: 11 - UGAAGAGAAGAAGAUUGAUGAA - 32
• Evidence: experimental ; Illumina [1]

References

1. PubMed ID: 21571671
   Stars and symbiosis: microRNA- and microRNA*-mediated transcript cleavage involved in arbuscular mycorrhizal symbiosis
   "Devers EA, Branscheid A, May P, Krajinski F"
   "Plant Physiol (2011) 156:1990-2010