miRBase entry: mtr-MIR7700

Stem-loop mtr-MIR7700

Accession

MI0025229

Description

Medicago truncatula mtr-MIR7700 precursor miRNA

Sequence

aggaaucagagcuuuuagguucuuuuaauaaggaaaauauuuugaaugacccugucauuuuuaaacaaguggaggguggggaaggcugugccccacgcgccugucuuggagGUGGAGUGUGGGACAGCUUGCaaguugcuggcaggggagcagcacgcgucccacgcgccaguuuuauuauggggccuguugcuuuuaaggcccauugcucugggguggaucagcaguguuguuugggugauagggggugcagaaucaaucagaggaccuccuuucuucaaauauugggaguuuucaugaugaaggccugggaguggguucaaauguugaggaggggcuuauagcgcaugguuauucuguggugguggugguggggugggggguugcaacucaaccaacauauucgauucuuucggaagagucggauauuucggaauauagugacuccguugaugacuuugugggggaugagcagaaaaucuuauccuaauugguucauacucuuccgaaaggaaucgaauauguugguugaguugcaaccccccaccccaccaccaccaccacagaauaaccaugcgcuauaagccccuccucaacauuugaacccacucccaggccuucaucaugaaaacucccaauauuugaagaaaggagguccucugauugauucugcacccccuaucacccaaacaacacugcugauccaccccauagcaaugggccuuaaaagcaacaggccccauaauaaaacuggcgcgugggacgcgugcugcuccccugccagcaacuugcaagcugucccacacuccaccuccaagacaggcgcguggggcacagccuuccccacacuccacuuguuuaaaaaugacagggucauucaaaauauuuuccuuauuaaaagaaccuaaaa
.............(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((........))).))))...((((((......((((((((........))))))))....)).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).

Structure

aggaaucagagcu                                                             g                                                                                                                                       c                                                                                                                                                                                                       -            cggauauuucggaauauagugacuccguug    -  uugugg        cag 
             uuuagguucuuuuaauaaggaaaauauuuugaaugacccugucauuuuuaaacaaguggag guggggaaggcugugccccacgcgccugucuuggagGUGGAGUGUGGGACAGCUUGCaaguugcuggcaggggagcagcacgcgucccacgcgccaguuuuauuauggggccuguugcuuuuaaggcccauugcu ugggguggaucagcaguguuguuugggugauagggggugcagaaucaaucagaggaccuccuuucuucaaauauugggaguuuucaugaugaaggccugggaguggguucaaauguugaggaggggcuuauagcgcaugguuauucuguggugguggugguggggugggggguugcaacucaaccaacauauucgauuc uuucggaagagu                              auga cu      gggaugag   a
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||                              |||| ||      ||||||||    
             aaauccaagaaaauuauuccuuuuauaaaacuuacugggacaguaaaaauuuguucaccuc caccccuuccgacacggggugcgcggacagaaccuccaccucacacccugucgaacguucaacgaccguccccucgucgugcgcagggugcgcggucaaaauaauaccccggacaacgaaaauuccggguaacga accccaccuagucgucacaacaaacccacuaucccccacgucuuaguuagucuccuggaggaaagaaguuuauaacccucaaaaguacuacuuccggacccucacccaaguuuacaacuccuccccgaauaucgcguaccaauaagacaccaccaccaccaccccaccccccaacguugaguugguuguauaagcuaag aaagccuucuca                              uacu gg      uccuauuc   a
------------a                                                             a                                                                                                                                       u                                                                                                                                                                                                       g            ------------------------------    u  --uuaa        uaa

Annotation confidence Not enough data

Do you think this miRNA is real?

Genome context

chr3: 26045881-26046790 [+]

Database links

Mature mtr-miR7700-5p

Accession	MIMAT0030000
Description	Medicago truncatula mtr-miR7700-5p mature miRNA
Sequence	112 - GUGGAGUGUGGGACAGCUUGC - 132
Evidence	experimental Illumina [1]

References

PubMed ID: 23572382
microRNA profiling of root tissues and root forming explant cultures in Medicago truncatula
"Eyles RP, Williams PH, Ohms SJ, Weiller GF, Ogilvie HA, Djordjevic MA, Imin N"
"Planta (2013) 238:91-105