Accession
MI0027428
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8554 precursor miRNA
Sequence
1999
reads,
5255
reads per million, 3 experiments
gaaauuuaugcucaugucccccuaaauuuauguuauuaaaaauauaccccugaaaauauuguauuuuauguucauucgccuuuuuuauuuuuauuuauuuauuuuucaaaauugucucacuucggaccuucaagguuugaagucacaauuuaUGCGAUGACUUUGGAUCUUGAGGAucaaaaguaauucuuucaacugauggcuuuuaacuuugaagauucgaaguuaucuuuuggcuucugaccuucaaggucugaagucaagauucaugucucaaaauauaggucuuggcuuuagaccuucaagguccgaagccaaagacuuuaaaaaaauuuauuggcuuuaguaguuauucuaggauagacuucaauuuuuuugaagucuuuggcuucguacucugaagguccaaugccaagauugauacgagucuugauuucagaucuucaaggucugaagccaagagaugaauuuggaucucgaaggucugcagucauaauuaaaaacaauuauuucaaaucuucaaguucuggagucauaacaacaauuaugauuuuggauuuugaaggucugaaguggggcauuuugggagaaaauagaaguugauaaaaugggucuugacguaauauacggcauuuuggaggaaucguuuaaauaacagaauuauuagggggacaugagcauaaauuuc
(((((((((((((((((((((((((.....(((((((.(((.....((((..(((((.((((((.((((((.((...((((.(((((((....(((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((..(((((((((((.(((((((((...((((((((.(((......((((((.....((((((.((((((((.(((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.((((..........(((((((((.((.((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((....((((....(((.....)))....)).))..))))))))))))))))))))))))).))).)))))))).)).))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))).))))))))))))))......))))))......))).))))))))...))))))))).)))))))))))..))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))).))))..)))))))).)))))).))))))).)).....))).)))))))......)))))))))))))))))))))))))
(((((((((((((((((((((((((.....(((((((.(((.....((((..(((((.((((((.((((((.((...((((.(((((((....(((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((..(((((((((((.(((((((((...((((((((.(((......((((((.....((((((.((((((((.(((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((.((((..........(((((((((.((.((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((....((((....(((.....)))....)).))..))))))))))))))))))))))))).))).)))))))).)).))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))).))))))))))))))......))))))......))).))))))))...))))))))).)))))))))))..))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))).))))..)))))))).)))))).))))))).)).....))).)))))))......)))))))))))))))))))))))))
Structure
-auuua a auaua - ug a u u uuc u uuua a u c ua CG U caa c caacug -uuuaa a g u c a ucaaaauaua u a a c uauu - uuag u
gaaauuuaugcucaugucccccuaa uguuauu aaa cc cc aaaau uuguau uuaugu ca gccu uuuuauu uuuauuu uuuuucaaaau gucucacuucggaccuucaagguuugaaguca aauu UG AUGACUUUGGA CUUGAGGAu aaguaauu uuu auggcu cuuuga gauucgaa uuaucuuuuggcuuc gaccuu aaggucugaagucaagauuc uguc ggucuuggc uu gaccuuca ggu cgaagccaaagacuuuaaaaaaauu gg cu uag u
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || || ||||| |||||| |||||| || |||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||| a
cuuuaaauacgaguacagggggauu acaauaa uuu gg gg uuuua ggcaua aaugca gu uggg aaaauag agauaaa agaggguuuua cggggugaagucuggaaguuuuagguuuuagu uuaa ac uacugaggucu gaacuucua uuuauuaa aaa uacuga gaagcu cuagguuu aguagagaaccgaag cuggaa uucuagacuuuaguucugag auag uuagaaccg aa cuggaagu uca gcuucgguuucugaaguuuuuuuaa uc ga auc u
auuaag a gcuaa a -- c u - -uc u uuga - - a ca aa u aac c aauuaa cgucug - a u c c ---------- u c c u --cu a uagg u
Annotation confidence
Low
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00009: 5608266-5608953 [+]
Database links
Mature atr-miR8554
| Accession | MIMAT0033825 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8554 mature miRNA |
| Sequence | 153 - UGCGAUGACUUUGGAUCUUGAGGA - 176 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
