Accession
MI0027441
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8563 precursor miRNA
Sequence
1949
reads,
2260.0
reads per million, 2 experiments
uuguaauuuguggaacauuaauuagacagaugaaagaugcaacaugaaaugaaauacaaggaaaacgagaucaucgucauccaucaauuuccuuugcuuuugcccuuuuccacuuaguuucuuguacgcaugcuauguuaacucucccucgcauaacuguauucauuaaCUCCAUACUCUAAGCUGUUAGAAUugcuacauuccauguggcuagacgaauuccaagagaauaggauuugucgaguCACAUGGAAUGUAGGAACucuaacagguaagaguacggaguuaguagauacaaugaggcgaaguagaauuaacauaguaugugccuauaggaaauuaaguggaaagaggcaaaagcuaaggaaauuaauagaugaugaugauugcauuuuccuuauauuucauguuguuuauuuaaucucuauaauuaauguuuuacaaauuauaa
.(((((((((((((((((((((((...((((.(((...(((((((((((((......((((((((.(.(((((((((((((.((.(((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(.((((.....((((((.(((((((((.((((((.(.((((((((.((.(((((((((((((((((.(((((((((..........))))))))).))))))))))))))))).)).)))))))).).)))))).))))))))).)))))).....)))).).))).)))))))))))))))..))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))).)).))))))))))))).).)))))))).)))))))))))))...))).))))...))))))))))))))))))))))).
.(((((((((((((((((((((((...((((.(((...(((((((((((((......((((((((.(.(((((((((((((.((.(((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(.((((.....((((((.(((((((((.((((((.(.((((((((.((.(((((((((((((((((.(((((((((..........))))))))).))))))))))))))))).)).)))))))).).)))))).))))))))).)))))).....)))).).))).)))))))))))))))..))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))).)).))))))))))))).).)))))))).)))))))))))))...))).))))...))))))))))))))))))))))).
Structure
u gac g gau aaauac c a c c u c -- c c c auaac c A A G A g a caag uguaauuuguggaacauuaauua agau aaa gcaacaugaaaug aaggaaaa g gaucaucgucauc au aauuuccuu gcuuuugcc uuuuccacuuaguuucuugua cgcaugcuauguuaa ucu c ucgc uguauu auuaaCUCC UACUCU A CUGUUAGA Uu cuacauuccauguggcu gacgaauuc a ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||| |||||| ||||||||| |||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| auauuaaacauuuuguaauuaau ucua uuu uguuguacuuuau uuccuuuu c uuaguaguaguag ua uuaaaggaa cgaaaacgg gaaaggugaauuaaaggauau guguaugauacaauu aga g agcg acauag ugauugagg augaga u gacaaucu AA GAUGUAAGGUACACuga cuguuuagg g a auc a auu -----a a g a a u a cc a u a gagua a c a g C G g auaa
Annotation confidence
Low
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00021: 1174892-1175342 [-]
Database links
Mature atr-miR8563-5p
| Accession | MIMAT0033839 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8563-5p mature miRNA |
| Sequence | 170 - CUCCAUACUCUAAGCUGUUAGAAU - 193 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
Mature atr-miR8563-3p
| Accession | MIMAT0058641 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8563-3p mature miRNA |
| Sequence | 246 - CACAUGGAAUGUAGGAAC - 263 |
| Evidence |
experimental
unknown |
References
|
