Accession
MI0027454
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8570 precursor miRNA
Sequence
1020
reads,
870.0
reads per million, 2 experiments
uauauaggaauuguauacuaugagaccauuuauauuuaguguauggaggucacagcuacuccuagccauuagaugucaaauugauggcuugaggguugucacaaaguucaagaaauuuuuuuuugaacuuugagucuuguCAAUGACACACUCACAACCGCCCaauauaaaaucugacaaaccuacuuguauuaaaaauacauggugucuuuuguauucauuuucauguguauauauauaugaaaaagcauagaaagagacuauuuauguuuaauacaaagaggucacaaucacucuuguccgucacauuucaaaucggguAGUUGGGAGUGCGUCAUUGACUAGAcuuaaacuuuagaagaaaauuuucuaaaacuuugugacaugccccuggcgauucacuuugacaucuaauggaugguagcaauuaugaccuccuuguaacgaagacaaauguucucauagucaacagucccuaguaua
((((((((.(((((..(((((((((.(((((...(((.((....((((((((..((((((.....(((((((((((((((.((((.(((.(.((((((((((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((((.((((......((((.((((..((((..((((((((((.(((.(((((.((((((.(((.(.(((((((((((....))))))))))).).))))))))).))))).))).))))))))))..)))).((((......))))..)))).))))......)))).)))).))))).))))))))).))))))))).)))))))))))).)))))..)))))))))))).))))).))).).))).)))))))))))))))..)))))).....)))))))).....)))))...))))).)))))))))..))))).))).)))))
((((((((.(((((..(((((((((.(((((...(((.((....((((((((..((((((.....(((((((((((((((.((((.(((.(.((((((((((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((((.((((......((((.((((..((((..((((((((((.(((.(((((.((((((.(((.(.(((((((((((....))))))))))).).))))))))).))))).))).))))))))))..)))).((((......))))..)))).))))......)))).)))).))))).))))))))).))))))))).)))))))))))).)))))..)))))))))))).))))).))).).))).)))))))))))))))..)))))).....)))))))).....)))))...))))).)))))))))..))))).))).)))))
Structure
- a au c aua a -guau ---ca ccuag u - g u a - ca - c u A A C aauaua c ---------------aa ac a c g g u a a
uauau agg auugu acuaugaga cauuu uuu gu ggagguca gcuacu ccauuagaugucaaa uga u gcu g gggu ugucacaaaguu agaaa uuuuuuuuugaa uuugagucu guCAAUGAC CACUC CAAC GCCC aaau ugac accu uuguauuaaa aua auggu ucuuuu uau c uuuucaugugu u
||||| ||| ||||| ||||||||| ||||| ||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | ||| | |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||| |||||| ||| | |||||||||||
auaug ucc ugaca ugauacucu guaaa aag ca ccuccagu cgaugg gguaaucuacaguuu acu a cgg c cccg acaguguuucaa ucuuu aaaagaagauuu aaauucAGA CAGUUACUG GUGAG GUUG uggg uuua acug ugga aacauaauuu uau uauca agaaag aua g aaaaguauaua a
a c ac u cag - auguu auuaa ---ua c u g u - u aa u c U C G A cuaaac c ccuguucucacuaacac ga g u g - c a u
Annotation confidence
Medium
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00002: 9634329-9634811 [-]
Database links
Mature atr-miR8570-5p
| Accession | MIMAT0061212 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8570-5p mature miRNA |
| Sequence | 141 - CAAUGACACACUCACAACCGCCC - 163 |
| Evidence |
experimental
unknown |
Mature atr-miR8570-3p
| Accession | MIMAT0033852 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8570-3p mature miRNA |
| Sequence | 322 - AGUUGGGAGUGCGUCAUUGACUAGA - 346 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
