Accession
MI0027455
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8571 precursor miRNA
Sequence
797
reads,
752.0
reads per million, 2 experiments
uuuaacacuucuccucaaacucaacuuagaagaaccaaacaaauagUUCUUCAAUCGUCAAGUAUCCAUGccugacuaccaaacauuagaacaccaggaauugagccugacaucaucucguauaaacuaucuucuaaugagcuccccgcaaaauagaauuggaucaaacaaaauucucaagugauaaacgauuugcuguaaaugguuaccacaugcaugauaauuaauuccugcuaaaaaauuaaggacucaagaaaagaaauaaggccauaagaaagucgagaguaaggcagguauuagaaguugaauacucuugacuuucuuauauccuugggucuuuucuuggaucuuuuuucuuuuuuuguacacuuuucuauuauauuucauguguuaauuauaugcaccaaaucuuuucuugaggauuuuguuugauccauuucuauuugggguuagcuuguuggagauagcuuauauuuaauggaaucugacucaauccuaauauuugguacuguaaggcAUGGAUAUUUGAGGACUGAAGAAUUaguaguuugguuuuucuaugaugaguuugagggugacuguugaa
.((((((.((.((((((((((((.(.((((((((((((((...((((((((((.((.((((((((((((((((.(((((((((.(((........((((.(((((.(.((..((((...((((((.((((((.(((((((((((((((...(((((((.((((((((((((((((((((((....(((.((((((.((((.(((((((.((((((.(..(((((.......(((.((((((..(((((.(((((((((((..(((((..((((((((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))))..)))))..))))))))))).)))))....)))))).))).........)))))..).)))))).))))))).)))).)))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))))..)))))))))))))))).))))))...))))..)).).)))))))))))).)))))))..)).)))))))))))))))).)).))))))))))...)))))))))))))).).)))))))))))).)).)))))).
.((((((.((.((((((((((((.(.((((((((((((((...((((((((((.((.((((((((((((((((.(((((((((.(((........((((.(((((.(.((..((((...((((((.((((((.(((((((((((((((...(((((((.((((((((((((((((((((((....(((.((((((.((((.(((((((.((((((.(..(((((.......(((.((((((..(((((.(((((((((((..(((((..((((((((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))))..)))))..))))))))))).)))))....)))))).))).........)))))..).)))))).))))))).)))).)))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))))..)))))))))))))))).))))))...))))..)).).)))))))))))).)))))))..)).)))))))))))))))).)).))))))))))...)))))))))))))).).)))))))))))).)).)))))).
Structure
u c c a u aaa A G g -- c agaacacc a c u ca cuc a u -- caa u ugau c c a c c ug --uaauucc u --uu c aa cc agg g au uuaaca uu uccucaaacuca c uagaagaaccaaac uagUUCUUCA UC UCAAGUAUCCAUGccu ac uaccaaa auu agga uugag c ga ucau guauaa cuaucu cuaaugagcu ccccg aauagaa uggaucaaacaaaauucucaag aaa gauuug ugua augguua cacaug a auaau ugc aaaaaa aagga ucaagaaaaga uaagg auaagaaagucgagagua cag u u |||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| ||||| | || |||| |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||| |||||| | ||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | aguugu ag gggaguuugagu g aucuuuuugguuug aUUAAGAAGU AG AGUUUAUAGGUAcgga ug augguuu uaa uccu aacuc g cu ggua uauauu gauaga gguuguucga ggggu uuaucuu accuaguuuguuuuaggaguuc uuu cuaaac acgu uauuaau guguac u uauua aug uuuuuu uuucu gguucuuuucu guucc uauucuuucaguucucau guu a a a c u a u aug C G a uc a -------- - a u aa auu c - uu --- u ---- u c a u u ua ucuuuucac u cuuu a gg ua -aa g ag
Annotation confidence
High
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00025: 4427106-4427691 [+]
Database links
Mature atr-miR8571-5p
| Accession | MIMAT0033853 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8571-5p mature miRNA |
| Sequence | 47 - UUCUUCAAUCGUCAAGUAUCCAUG - 70 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
Mature atr-miR8571-3p
| Accession | MIMAT0058654 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8571-3p mature miRNA |
| Sequence | 518 - AUGGAUAUUUGAGGACUGAAGAAUU - 542 |
| Evidence |
experimental
unknown |
References
|
