Accession
MI0027456
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8552b precursor miRNA
Sequence
4332
reads,
3658.0
reads per million, 2 experiments
uauauauauauaugaaaaaaaaugguauuaguccacuagcuuauaugaacauaugagcccaacggucuauaUUGAAUCUGGGCCAAUCUGACGAUcacggauguccgguagugcuugaauuuuauuuuaauuucuacaaauucaaaucacuugaaauuuuagauguauguucuucuaaucaaggcacaccuaauaaaaauauuaaaaaauacuauucgugaaaaacaaaauaaccaaaauacccccuaaauuuggggguauuuuggccaauuuauuucauguaaaauauuuuuugauauuuuuugaagauucaccuauuuuugauaaacacacgcuuaaaauuucaagugauuuggauuuuuagaaaaauaaaauaaaauucaaacacUACCGGACAUCUGUGAUCGUCAGAucgacccagguucaaucuaggccguugggcucauagguucauaugagcuaaugggcuaaucucagauuuuuccauauauuuauaua
((((((.(((((((.(((((..(((.(((((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((.((((..((......(((.....((...(((((((((((((((((.....(((((((...(((....(((((((((((((.......)))))))))))))....))).))))))).....)))))))))))))))))...)).....)))......))..)))).))).))))))))))))))))))))))))).))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).).)))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))).)))..))))).))))))).))))))
((((((.(((((((.(((((..(((.(((((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((.((((..((......(((.....((...(((((((((((((((((.....(((((((...(((....(((((((((((((.......)))))))))))))....))).))))))).....)))))))))))))))))...)).....)))......))..)))).))).))))))))))))))))))))))))).))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).).)))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))).))))))))).)))..))))).))))))).))))))
Structure
u a aa u c a u C A c -a c a a cu uaauca cacac aau cuauu aac auaa ua
uauaua auauaug aaaaa ugg auuagucca uagcuuauaugaac uaugagcccaacggucua aUUGAAUCUGGG C AUCUGACGAUcacggauguccgguagug uugaauuuuauuuua uuucua aaauucaaaucacuugaaauuuuag ugu uguu uc agg cu aaaaauauuaaaaaaua cgugaaa aaa ccaaaauaccccc a
|||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| a
auauau uauauac uuuuu acu uaaucgggu aucgaguauacuug auacucggguugccggau uaacuuggaccc g uAGACUGCUAGUGUCUACAGGCCAUcac aacuuaaaauaaaau aaagau uuuagguuuagugaacuuuaaaauu gca acaa ag ucc ga uuuuuauaguuuuuuau guacuuu uuu gguuuuauggggg u
u c ag c a g c a c a aa u c c au uuuuua acuua agu aaaau --a aacc uu
Annotation confidence
Medium
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00025: 4480840-4481337 [+]
Database links
Mature atr-miR8552b-5p
| Accession | MIMAT0058655 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8552b-5p mature miRNA |
| Sequence | 72 - UUGAAUCUGGGCCAAUCUGACGAU - 95 |
| Evidence |
experimental
unknown |
Mature atr-miR8552b-3p
| Accession | MIMAT0033854 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8552b-3p mature miRNA |
| Sequence | 389 - UACCGGACAUCUGUGAUCGUCAGA - 412 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
