Accession
MI0027474
Description
Amborella trichopoda
atr-MIR8616 precursor miRNA
Sequence
1145
reads,
947.0
reads per million, 2 experiments
agcccuaucaaaguaaguaaagccucacccuaaaacuaaccgaaaauugcacuugugacguuugaaaaccuucaaauugaucaucucggccuugaacauuauaguugugaaaaaaauuucggauuucaagcucuaaaaauaguguauauuacacauuauuuagaucguccauuucacccuaaaaauaaguauucauggauccguaagaucuauauuuuuuuaagcuucaaauuucauagucgguguuggaaaUUGAUUUUAGAGCCAUCAUGGagauuuucgaugcccaaaaugcucucugaaugaggauucgagaugaggcuuuacuuugauuucuuagaggcccgggccuuauaaaaucgaaagugcaauccgaaugaggauucgagauaaggcuuuauuuugauuucauagaggcccaggccuuauaaaacauaaaguagagauucaccucaaagccuuaucugaaaaacacuucaggcauaagaaaucuuuuugauggcuuuaaaaucuauuuccaUCAUCGAUUAUAAAAUUUGUAGCUcaaaaaaugguacagaucuugcaaauuugugaaaauuuagaaauagauggucuagaugauguguuacaagauacauuauuuuuaggacuugaaauuuuauuuuuuuuaacaacuguaauagugaaggucaugaugauuuauuugaaguuuuuuugacacugaaaguagaauuuuuuuuguaaguuuugaggcgaagcauuaguuuuucucauaaggcu
((((.(((......((.(((.((.((.((.(((((((.((.(((((((..((((.....(((.(((((.((((((((.(((((((..((((((.(..((((((((((((((((((((...((((((((((.((((((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((((..........(((((.(((((((((..(((((((((.(((((((((.((((.(((((((.((((((((((.(((((((.((((((((((((((((.(((((((((..(((((...(((.(((.......))).)))..((((((((((((((((((........((((((.(((((((((.(((((((((..((.((((((((....))))).)))...))....))))))))).)).))))))).))))))........)))))))(((......))).)))))))))))(((......))).)))))..))))))))).)))))))))))))))).))))))).)))))))))).))))))).)))).))))))..))).)))))))))..))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))......)))))))))))))))).)))))))))).))))))))).)))))))))))..).))))))..))))))).)))))))).))))).))).....))))..)))))))...)).))))))).)).)).)).))).))......))).))))
((((.(((......((.(((.((.((.((.(((((((.((.(((((((..((((.....(((.(((((.((((((((.(((((((..((((((.(..((((((((((((((((((((...((((((((((.((((((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((((..........(((((.(((((((((..(((((((((.(((((((((.((((.(((((((.((((((((((.(((((((.((((((((((((((((.(((((((((..(((((...(((.(((.......))).)))..((((((((((((((((((........((((((.(((((((((.(((((((((..((.((((((((....))))).)))...))....))))))))).)).))))))).))))))........)))))))(((......))).)))))))))))(((......))).)))))..))))))))).)))))))))))))))).))))))).)))))))))).))))))).)))).))))))..))).)))))))))..))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))......)))))))))))))))).)))))))))).))))))))).)))))))))))..).))))))..))))))).)))))))).))))).))).....))))..)))))))...)).))))))).)).)).)).))).))......))).))))
Structure
c caaagu g a c a c a --c gc gugac u c u uc g ac - uuc c ---auu c acccuaaaaa a cc a -- a u c u U U cg caaaaugcucucugaaugaggauucg ------------- auuucuua c - a --gu --a - g
agcc uau aa uaa gc uc cc uaaaacu ac gaaaauu acuu guu gaaaa cuucaaau gaucauc ggccuu a auuauaguugu gaaaaaaau ggauuucaag ucuaaaaauaguguau acacauuauuuagaucguc auuuc uaagu uucauggau guaagaucu uau uuuuuu agcu caaauuu auagucggug uggaaaU GAUUUUAGAGCCAUCA GGagauuuu augcc agaugaggcuu uacuuug gaggcc gggccuu au aaaucgaaa gc auc cgaau a
|||| ||| || ||| || || || ||||||| || ||||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| || ||||||||| || ||| |||||
ucgg aua uu auu cg ag gg guuuuga ug uuuuuaa ugaa cag uuuuu gaaguuua uuaguag cuggaa u uaaugucaaca uuuuuuuua uuuaaaguuc ggauuuuuauuacaua uguguaguagaucugguag uaaag auuua aaguguuua cguucuaga aug aaaaaa UCGA GUUUAAA UAUUAGCUAC accuuua cuaaaauuucgguagu uuucuaaag uacgg ucuauuccgaa augaaau uuccgg cccggag ua uuuaguuuu cg uag gcuua g
a cucuuu g a a c a a uuu ga aguca u u u ua g ga a --u a gaacau a ---------- a aa c gu c U A U u u aa -------------acuucacaaaaag acuccacuuagag acaaaaua a a c auuu gaa a g
Annotation confidence
Low
Do you think this miRNA is real?
Genome context
scaffold00049: 1238277-1239038 [+]
Database links
Mature atr-miR8616-5p
| Accession | MIMAT0058666 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8616-5p mature miRNA |
| Sequence | 253 - UUGAUUUUAGAGCCAUCAUGG - 273 |
| Evidence |
experimental
unknown |
Mature atr-miR8616-3p
| Accession | MIMAT0033873 |
| Description | Amborella trichopoda atr-miR8616-3p mature miRNA |
| Sequence | 521 - UCAUCGAUUAUAAAAUUUGUAGCU - 544 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
