miRBase entry: cre-MIR914

Stem-loop cre-MIR914


Accession
MI0005707
Description
Chlamydomonas reinhardtii cre-MIR914 precursor miRNA


Sequence

gccggacguuacggcaugacgacucacggcgugacgcugaacuugugacgaucgccguuuuaauucgggggaccuauaggcauuuguuaacucauaaucguuuuaaaucgcuccggaucuauagcgagcugggugcgggcgaccaucgcgcucgagcugcaacucgcccgggcaccugcaaagcucggcgagcaccaucguuaaauacuucguaccauucuaucucugcaccuaaacgugugcagcugaguccgcgcgcggccccucgcugcugaugccgggggcgccccccgcgccuguccccgccuccccuccacggauuccggcgcgcccggggguugguaaugggugcuaaugcguguggcagcacggcguacauuugccaguugcaucuggaaugcucagggcuggccugcucugcccuagccuggcccugcccuugcacagggcaccccugcugcagucacuugcugcggcuaagcacggcugcaacccguggggggcgcugccgauugacgcgaaugcaagagaucggaggcccggcacccauuaccaaccccCGGGCGCGCCGGAAUCCGUGGaggggaggcggggacaggcgcggggggcgcccccggcaucggcagcgaggggccgcgcgcggacucagcugcacgcguuuaggugcagagauagaaugguacgaaguauuuaacgauggugcucgccgagcuuugcaggugcccgggcgaguugcagcucgagcgcgauggucgcccgcacccagcucgcuauagauccggagcgauuuaaaacgauuaugaguuaacaaaugccuauaggucccccgaauuaaaacggcgaucgucacaaguucagcgucacgccgugagucgucaugccgugacguccggc
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((....)))).)))).......((((......))))..(((..(((((.((((.(((.......)))..))))..))))).))).((((...))))((((((((.....))))))))....(((((.......)))))..((((.((.((((((...((....))....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))

Structure
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----------------------------------------------------aaugcguguggcagcacggcguacauuugccaguugcaucuggaa   uc     -u    -u   cu 
gccggacguuacggcaugacgacucacggcgugacgcugaacuugugacgaucgccguuuuaauucgggggaccuauaggcauuuguuaacucauaaucguuuuaaaucgcuccggaucuauagcgagcugggugcgggcgaccaucgcgcucgagcugcaacucgcccgggcaccugcaaagcucggcgagcaccaucguuaaauacuucguaccauucuaucucugcaccuaaacgugugcagcugaguccgcgcgcggccccucgcugcugaugccgggggcgccccccgcgccuguccccgccuccccuccacggauuccggcgcgcccggggguugguaaugggugcu                                                                                                 ugc  agggc  ggcc  gcu  g
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                                                                                 |||  |||||  ||||  |||  c
cggccugcagugccguacugcugagugccgcacugcgacuugaacacugcuagcggcaaaauuaagcccccuggauauccguaaacaauugaguauuagcaaaauuuagcgaggccuagauaucgcucgacccacgcccgcugguagcgcgagcucgacguugagcgggcccguggacguuucgagccgcucgugguagcaauuuaugaagcaugguaagauagagacguggauuugcgcacgucgacucaggcgcgcgccggggagcgacggcuacggcccccgcggggggcgcggacaggggcggaggggaGGUGCCUAAGGCCGCGCGGGCccccaaccauuacccacgg                                                                                                 acg  ucccg  ccgg  cga  c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cccggaggcuagagaacguaagcgcaguuagccgucgcggggggugcccaacgucggcacgaaucggcgucguucacugacgucguccccacgggac   -u     uc    uc   uc 


Annotation confidence Not enough data
Do you think this miRNA is real?

Genome context
scaffold_6: 2839823-2840716 [+]

Database links

Mature cre-miR914

Accession MIMAT0004397
Description Chlamydomonas reinhardtii cre-miR914 mature miRNA
Sequence 561 - CGGGCGCGCCGGAAUCCGUGG - 581
Evidence experimental
cloned [1]

References

  1. PubMed ID: 17470535
    A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii
    "Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y"
    "Genes Dev (2007) 21:1190-1203