Accession
MI0019219
Description
Arabidopsis thaliana
ath-MIR5638b precursor miRNA
Literature search
1 open access papers mention ath-MIR5638b
(1 sentences)
(1 sentences)
Sequence
2730
reads,
19.0
reads per million, 172 experiments
aacaauguuguggucuuucgaugagagaaugugcuuggggacaauuggagcaguuugacucccuuacgguuaguAUGACGGUUUGAAAGUGAAAGAACUuugguauguuucuagaaaguaaauaaaugaauccaaguuucgagcacacugucuuuacacuaguguggcagcccaccaaauaaccauugugauuguucauaaaguguuaccuucauauuuugcaaaaccucuuaaccaaucacgagugcaaaguagaguuugaacauuucauuuaacaaucACAGUGGUCAUCUGGUGGGCUguagaauuuaucacuaugcccaccaaaguaaagauggugugcucaaaacuuggauucgauuacuuuuucgucaaaacauaccaaagcucucucacuuuucaaacuucaaaauaacaguaguaagggaaucgaucuguaccaauuguacucaaacacacucucucaucc
...................(((((((((.((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((((((.((((...(((.(((((((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((((((((.(((((((((((((((((....(((.((((((((((((.((.(((((((((((((((....(((((((...(((.(((((((((....(((............)))))))))))))))....))))))).....))))))))))))))).)).)))))))))((((.........))))))))))....))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))).)...))))))))))))).))).)))).))))))))))))...))))....)))))))).)))).)))).)))))))).))))).)))).))))))))).
...................(((((((((.((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((((((.((((...(((.(((((((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((((((((.(((((((((((((((((....(((.((((((((((((.((.(((((((((((((((....(((((((...(((.(((((((((....(((............)))))))))))))))....))))))).....))))))))))))))).)).)))))))))((((.........))))))))))....))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))).)...))))))))))))).))).)))).))))))))))))...))))....)))))))).)))).)))).)))))))).))))).)))).))))))))).
Structure
aacaauguuguggucuuuc a c g a u c ---g guA C - A A --- u auaaa c acua u ----------------- a a -caua -acc a aaac uuaac
gaugagaga ugug uuggg acaauugg gcag uuga ucccuuac guua UGA GGUUUGAAA GUGA AGA CUuugguauguuu c agaaaguaa ugaauccaaguuu gagcacacugucuuuac gug ggc agcccacca au accauugugauuguu aaguguu uuc uauuuugca cuc c
||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| |||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||
cuacucucu acac aacuc uguuaacc uguc agcu agggaaug caau acu ucaaacuuu cacu ucu gaaaccauacaaa g uuuuucauu gcuuagguucaaa cucgugugguagaaaug cac ccg UCGGGUGGU UA UGGUGACAcuaacaa uuuacaa gag augaaacgu gag a
------------------c c a a a u a auga aaa - u c c acu c ----a a aaac - uaucacuauuuaagaug C C uuuac guuu - ---- cacua
Annotation confidence
Low
Do you think this miRNA is real?
Genome context
chr5: 14099737-14100205 [+]
Database links
Mature ath-miR5638b-5p
| Accession | MIMAT0053936 |
| Description | Arabidopsis thaliana ath-miR5638b-5p mature miRNA |
| Sequence | 75 - AUGACGGUUUGAAAGUGAAAGAACU - 99 |
| Evidence |
experimental
unknown |
Mature ath-miR5638b-3p
| Accession | MIMAT0022407 |
| Description | Arabidopsis thaliana ath-miR5638b-3p mature miRNA |
| Sequence | 281 - ACAGUGGUCAUCUGGUGGGCU - 301 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
References
|
