Accession
MI0005702
Description
Chlamydomonas reinhardtii
cre-MIR909 precursor miRNA
Sequence
93486
reads,
4824.0
reads per million, 51 experiments
guucccgcacacguggcugaaggucgcggagcucuuugccgacacgguggccauguggucccgcagcuccuugccacacgggcaugcaaacaugacccugaauggcccugccugcggccugccccgcuccagggccuucugcugcUGAUGGUGCAGAUGCGGCUGGugcuggucaaaccgguggugguggugcuggugcuguucgggcuccugcugcaccggcaguagcgccagcagcuggagcagguacagggcggccgccagcggcagcaccaccaccaccaccaccgguucgaccagcaccAGCCGCACCUGCACCACCAGCagcggauagaaggcuccggagcggggcaggcccaggcagggccauucagggucaaguuugcaugcccguguggcaagacgcugcgguaccacauggccaccgugucggcgaagggcuccgugaccuucagccacuugugcgggaac
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Structure
c c uc a c a ---- A A a c u -------------------g u acc ag
guucccgcaca guggcugaaggucgcggagcucuuugccgacacgguggccauguggu ccgcagc cuugccacacgggcaugcaaac ugacccugaauggcccugccug ggccugccccgcucc gggccuucu gcugcUG UGGUGCAG UGCGGCUGGugcugguc aaccgguggugguggug uggugcugu cg gcucc gcugc ggc u
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u u ca a - c uagg C C c c - gaccgccggcgggacaugga u --a cg
Annotation confidence
Medium
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Comments
Zhao et al. identify a pair of mature miRNA product from the 5' and 3' arms of the hairpin precursor, and named them miR909-5p and miR909-3p [1]. Molner et al. suggest that an alternative 5' product is the predominant one, named cre-miR909.1 here [2]. The Zhao et al. products are renamed miR909.2 and miR909.3 here. Molner et al. also show a number of offset and overlapping minor products originating from the same hairpin [2], but not catalogued here.
Genome context
Unknown
Database links
Mature cre-miR909-5p
| Accession | MIMAT0004967 |
| Description | Chlamydomonas reinhardtii cre-miR909-5p mature miRNA |
| Sequence | 146 - UGAUGGUGCAGAUGCGGCUGG - 166 |
| Evidence |
experimental
cloned [2] |
Mature cre-miR909-3p
| Accession | MIMAT0004391 |
| Description | Chlamydomonas reinhardtii cre-miR909-3p mature miRNA |
| Sequence | 305 - AGCCGCACCUGCACCACCAGC - 325 |
| Evidence |
experimental
cloned [1-2] |
References
|
